Ryuugamine Mikado tęskni za ekscytuj±cym życiem w wielkim mieście. Na zaproszenie swojego przyjaciela z dzieciństwa Masaomi przenosi się do szkoły w Ikebukuro. Masaomi oprowadza go po dzielnicy i ostrzega przed tajemniczym gangiem - Dolarami. Już pierwszego dnia w mieście Mikado jest świadkiem pojawienia się kolejnej miejskiej legendy - bezgłowego jeźdźca na czarnym motocyklu.

Tytułowy "Baka", Akihisha Yoshii, uczęszcza do Akademii Fumizuki, która wykorzystuje wyj±tkowy i nowoczesny system nauczania. Pozwala on uczniom na walki między sob± poprzez przywołanie kreaturek za zgod± nauczyciela, których siła jest wprost proporcjonalna do wyników testowych z poszczególnych przedmiotów. W szkole funkcjonuj± klasy od najlepszej A do najgorszej F - im jest się niżej, tym bardziej obniża się poziom nauki uczniów, jak i warunki nauczania. Yoshii, jako że nie jest zbyt inteligentny, trafia do najsłabszej klasy i spotyka tam dużo przyjaciół, których ł±czy jeden cel: za pomoc± wcześniej wspomnianych walk odebrać studentom z klasy A ich salę, aby móc się uczyć w lepszych warunkach.

Czy nie było by fajnie móc namieszać w relacjach między dwojgiem młodych ludzi, którzy maj± do siebie dystans? Oczywiście, że tak. Tsumiki i Io dzieli taki subtelny dystans. Po to s± też inne postacie w tym anime. Aby coś między nimi namieszać. Tsumiki nie potrafi wyznać swoich uczuć względem Io. Io natomiast jest nieświadomy jej uczuć. St±d ten ich subtelny dystans. SprawdĽmy, co zrobi reszta bohaterów, aby trochę namieszać w tej sytuacji...

Główna bohaterka – Chiyo Sakura, w końcu zbiera się w sobie na tyle, by wyznać uczucia starszemu koledze – Umetarou Nozakiemu. Jednak w czasie wyznania dziewczyna zaczyna pl±tać się w słowach, a w rezultacie Nozaki daje jej… swój autograf. Okazuje się póĽniej, że chłopak rysuje mangę shoujo, a Chiyo ma mu od tej pory w tym pomaga.

kademia Myoujou to prywatna szkoła z internatem, która pozornie nie różni się niczym od innych. Właśnie rozpoczyna się nowy rok szkolny i 13 dziewcz±t trafia do specjalnej Czarnej Klasy. Jest to jednak tylko przykrywka do zabójczej gry, w której grupa zabójców ma wyeliminować wskazany cel - Haru Ichinose. Wszystko byłoby proste, gdyby nie Tokaku Azuma, która staje się przeszkod± dla innych i zaczyna chronić now± koleżankę.